Su nombre proviene del vocablo náhuatl a, agua; xoxouhqui, azul; tlan, junto: “junto al agua azul”. También puede derivar de a, agua; xotla, relumbrar y se puede interpretar como “agua relumbrosa” ó “lugar de aguas brotantes”.

Este lugar ubicado al noroeste del municipio tiene usos y costumbres rurales. Sus antiguos pobladores tuvieron orígenes prehispánicos (descendientes de los teotihuacanos), pues se han encontrado (en lo que ahora es Claustros de San Miguel), osamentas, vasijas y restos que nos dan testimonio de que en este lugar efectivamente existieron raíces teotihuacanas.

En este pueblo se practica aún la ganadería y en la actualidad algunos pobladores se dedican al comercio. No tiene un templo antiguo que lo caracterice, pero si tiene otras raíces que lo hacen único e inigualable.

Documentos coloniales hacen referencia a este poblado como una zona rica en naturaleza, y se hace mención a la lucha entre la gente que peleo por estás tierras en el siglo XVI.

Existieron pastizales, arroyos y haciendas que dieron vida económica a esta zona tan importante. En un documento del siglo XVII, se da a conocer un litigio de los pobladores de este lugar para que les fuera otorgado el tanque de agua de Axotlán, al cual deben el nombre de su pueblo, esto lo consiguieron muchos años después.

Una de las haciendas que existieron en los siglos XVI y XVII de gran importancia fue la hacienda de San Miguel que fue la fuente principal de trabajo para la comunidad, ahora está forma parte ya de un importante centro comercial que lleva su nombre. El lugar media aproximadamente 400 hectáreas de terreno de uso agrícola en su mayoría, actualmente existe un casco en donde vivió parte de la familia, incluso hay datos que por los años de 1800, este lugar fue utilizado como caseta de peaje del camino México-Querétaro. Los dueños de esta hacienda fueron los hermanos: Esperanza, Florentino, Juan Simón y Esteban Schiavon.

La laguna de Axotlán fue muy importante para está población, aunque ésta fue hecha de un ramal de agua que venía del vertedero de Lanzarote para todos los agricultores de la zona, tiene una capacidad de 6.44 millones de m³.

Festividades del pueblo: el 3 de mayo se festeja a la Santa Cruz y el 12 de diciembre a la virgen de Guadalupe, quien es la santa patrona del lugar.

Axotlán se caracteriza por ser un pueblo muy religioso y unido, en sus fiestas patronales la gente se reúne para festejar.

En ésta laguna se podían observar ranas (que se utilizaban para el consumo personal), de ahí que a la gente de este lugar se les llamará “raneros”.